Kirja kertoo vanhasta naisesta Aliide Truusta, joka asuu yksinään Viron maaseudulla. Eräänä päivänä Aliide löytää talonsa pihalta pyörtyneen tytön, Zaran, joka pyytää Aliidelta turvapaikkaa. Aliiden suostuessaan käy ilmi, että vanhan naisen ja nuoren tytön elämät nivoutuvat yhteen arvaamattomalla ja yllätyksellisellä tavalla.
Kirja sijoittuu 1930-1990 luvuille Viron maaseudulle. Naisen asema teoksen kuvaamassa ympäristössä on vanhoillinen ja naista ei pidetä yhtä korkeassa arvossa kuin miestä, joka käy kirjassa ilmi siitä, että naiset joutuivat tekemään kaikki kotityöt, ruokkimaan eläimet ja hoitamaan peltotyöt, kun miehet olivat virkamiesviroissa tai poliittisissa puolueissa johtoasemissa. Kirjan toinen päähenkilö Aliide Truu asuu siskonsa Ingelin ja siskon lapsen Lindan sekä Ingelin miehen Hansin kanssa kotitalossaan. Jo perheen normaalista arjesta käy ilmi, että naiset tekevät enemmän ruumiillista työtä kuin miehet, tosin Ingelin mies Hans oli talonpoika. Teoksen toinen päähenkilö Zara huijattiin prostituoiduksi Saksaan hänen toivoessaan kunnon hyväpalkkaista ja normaalia työpaikkaa ystävänsä Olgan markkinoitua saksalaisten tarjoamia hyviä työmahdollisuuksia venäläisen Vladivostokin tarjoamien vaihtoehtojen sijaan. Teoksesta käy hyvin ilmi, mikä oli naisen asema ja arvo 1900-luvun alkupuolella. Nainen oli pelkkä hyödyke sen ajan miehille, jotka eivät osanneet tehdä ruokaa saati pihatöitä. Miten he olisivat selvinneet ilman sen ajan naisen apua?
Miehet kuvataan kirjassa hieman avuttomiksi ja ilman naisen apua pärjäämättömiksi. Puhdistuksessa miehestä riippuen he tekevät hieman peltotöitä, kuuluvat venäläiseen mafiaan tai liioitellun venäläismieliseen virolaiseen puolueeseen tai etsivät kapinallisia pelotellen ja kuulustellen paikalliset säikähdyksiin. Lähes poikkeuksetta miehet kuvataan brutaaleina ja säälimättöminä, kylminä ja tunnottomina henkilöinä, jotka ajavat vain omaa etuaan mielessään siintävä palkinto, joka Stalinin hyväksi tehdystä työstä on odottamassa. Maine ja kunnia mielessään miehet tuhoavat oman elinympäristönsä ja tappavat suhteensa muihin ihmisiin tavoitellessaan korkeaa ja tärkeää asemaa venäläismielisessä Virossa.
Kirjan päähenkilöt Aliide Truu ja nuori Zara elävät Aliiden kotona hiljaista maalaiselämää kahdestaan. Aliide yrittää selvittää, mikä Zaraa vaivaa tämän oltua koko ajan pelossa miehestään, joka tulisi etsimään häntä. Kirjan juonen edetessä Aliiden nuoruutta kuvataan takaumalla, joka selvittää hänen nuoruuttan ja samalla Zaran tulevaisuutta. Takaumassa selviää mitä kaikkea Aliide oli valmis tekemään elämänsä rakkauden Hansin puolesta ja kuinka väliinpitämätön hän oli omaa sisartaan ja tämän lasta kohtaan. Aliiden tekemiä päätöksiä ajavat silkka mustasukkaisuus ja katkeruus kaunista ja menestynyttä siskoaan Ingeliä kohtaan, joka saa elämässään kaiken minkä Aliide olisi halunnut. Aliide yrittää pönkittää omaa asemaansa ja kääntää Hansin huomion itseensä. Koko nuoruutensa, jopa naimisiin Martin Truun kanssa mentyään Aliidella on vain Hans mielessä, ja se miten saada siskonsa pois elämästään pilaamasta hänen mahdollisuutensa elämään Hansin kanssa. Tässä Aliide onnistuukin, kun Ingel ja Linda karkoitetaan Vladivostokiin Neuvostoliittoon. Aliiden tekemät päätökset ja ratkaisut muuttavat hänen itsensä, Hansin ja myös siskonsa Ingelin ja tämän ja Hansin lapsen Lindan elämät. Myöhemmin juonen edetessä lukija huomaa, että Aliiden teot muuttavat myös erään, Aliidelle hyvin tutuksi tulevan henkilön elämän.
Myös toisen päähenkilön, Zaran elämästä esitetään takauma ennen Aliiden pihalle löytämistä. Zara viettää elämäänsä Vladivostokissa äitinsä Lindan ja isoäitinsä Ingelin kanssa, kun Zaran ystävä Olga tulee kertomaan Saksan hyvistä työmahdollisuuksista. Zara tarttuu syöttiin ja huomaa pian olevansa prostituoituna vailla keinoa paeta. Zaralla käy kuitenkin tuuri, päästyään pakenemaan, kun häntä ollaan viemässä Tallinnaan. Zara pakenee ja lähtee suunnistamaan kohti virolaista kylää, josta on kuullut isoäitinsä olevan kotoisin ja jossa tämän siskon Aliiden pitäisi asua. Lopulta Zara löytää perille Aliiden pihalle ja alkaa selvittää itsensä ja Aliiden taustoja vaivihkaa.
Sofi Oksanen on käyttänyt Puhdistuksessa taitavasti hyväkseen miehen ja naisen välistä valtasuhdetta: Puhdistuksessa seksuaalisuutta ja väkivaltaa sekä pelkoa käytetään vallan keinoina, varsinkin naisia ja heikompia vastaan. Miesten asema korostuu ja miehet päättävät kaikesta. Miehet käyttävät valtaansa kohdellaksee naisia, lapsia ja vanhuksia alistavasti ja omaa asemaansa pönkittävämmin. Mitä valtaa ja väkivaltaa korostavampi mies, sen suurempi palkinto on Stalinilta odotettavissa. Kirjassa kuvatussa vallan asettelussa kaikki on ristiriitaista. Miehet käyttävät asemaansa kanssaelijöitään vastaan, vaikka eivät luultavasti edes selviäisi hengissä ilman naisten tekemää ruokaa ja heidän kodinhoitotaitojaan. Naisilla ei ole uskallusta edes tuoda mielipiteitään esiin väkivallan pelossa.
Puhdistus laittaa lukijansa ajattelemaan, miten hyvin asiat nykyisin olevat Baltian ja muun pohjoisen alueilla verrattuna entisiin aikoihin, sillä Puhdistuksen kertomat asiat ovat osaksi täyttä faktaa ja mennyttä realismia.
